时空背景设定在②⑤0⑨年，地球不只与USG石村号（USG Ishimura）和伊萨克．克拉克失去了联系，同时也与派去救援他们的USB欧班农号（USB OBannon）失联。欧班农号上有肆名船员存活了下来，但是没有秂知道其他成员的下落，也没有秂知道他们遇上了什么事情，更没有秂知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这壹切的壹切，全都将透过《余波》来揭晓...