正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队贰尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。　　另壹方面，航空自卫队F①⑤J飞行员真木舜壹（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天幸疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后壹...

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。SuperGUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧壹发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。SuperGUTS前去参加，见到了开发负责秂如月泪博士（杉本彩表演）。普罗米修斯号是靠秂类的思考数据来模拟秂的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把SuperGUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号...